Õppetöö koolis toimub viie 7-nädalase õppeperioodina, mida eraldavad vaheajad: sügisvaheaeg (1 nädal), jõuluvaheaeg (2 nädalat), talvevaheaeg (1 nädal), kevadvaheaeg (1 nädal) ja suvevaheaeg (~12 nädalat).

Õppetöö toimub viiel päeval nädalas: esmaspäevast reedeni.

Kooli päevakava koosneb õppetundidest ja teistest koolieluga seotud tegevustest (õpilasüritused, huvitegevused, vestlused ja kohtumised õpetajate või klassijuhatajaga, jne).
Õppetegevus võib toimuda nii koolimajas kui ka väljaspool kooli (nt õppekäigud, tunnid muuseumides jm).

Õppetund on kooli päevakavas või õpilasele koostatud individuaalses õppekavas juhendatud õppeks ettenähtud ajavahemik.
Juhendatud õpe võib olla grupis toimuv või individuaaltund, konsultatsioon, e-õpe, õppekäik või muu pedagoogiline tegevus, mis on suunatud teadmiste ja oskuste omandamisele ning toimub õppekeskkonnas, milles osalevad nii õpilane kui ka õpetaja.

Õppetunnid toimuvad vastavalt kooli õppekavale ja tunniplaanile.
Õppetund jaguneb kaheks osaks: õpilase juhendamine õpetajaga vahetus kontaktis olles ja õpilase iseseisev õpe, mida õpetaja juhendab e-õppevahendeid kasutades (nt e-päevik, videokeskkond vm).
Õppetunnid toimuvad üldjuhul paaristundidena (pikad tunnid), kuid sõltuvalt aine spetsiifikast ja/või nädalatundide arvust võib esineda ka ükskuid ainetunde (lühikesed tunnid).

Kontaktõppe ja iseseisva õpiaja jaotus antud tundides on järgnev (ajalise jaotuse aluseks on Põhikooli- ja gümnaasiumiseaduses ette antud õppetunni arvestuslik pikkus 45 minutit): 

•   Pikk tund ehk paaristund: 75 minutit õpetajaga vahetus kontaktis olev aeg ja 15 minutit iseseisev õpiaeg

•   Lühike tund: 40 minutit õpetajaga vahetus kontaktis olev aeg ja 5 minutit iseseisev õpiaeg

Koolipäev algab üldjuhul kell 9.00 (või vastava klassi tunniplaanis toodud ajale).
Tunnid vahelduvad vahetundidega.
Päeva keskel on pikem liikumispaus, mille jooksul on õpilastel võimalik käia söömas kooli sööklas ja leida endale meelepäraseid tegevusi koolimajas sees ning kooli õuealal.

Tundide ja vahetundide ajakava on alljärgnev:
 

Koolimaja uksed avatakse 7.00 ja suletakse 19.00.

Raamatukogu on avatud igal koolipäeval kell 8.00-16.30.

I kooliastme õpilased, kes peavad tulema koolimajja enne kella 8.00, saavad osaleda hommikuringi tegevustes igal koolipäeva hommikul kell 8.00-8.45 kooli aulas.
II ja III kooliastme õpilased saavad enne õppetundide algust olla kooli raamatukogus.

Arvutit nõudvate ülesannete sooritamiseks on õpilastel võimalik kasutada kooli raamatukogus asuvaid arvuteid ja printerit (paber printimiseks peab õpilasel endal kaasas olema).
Õpetajaga kokkuleppel on õppetegevusest vabal ajal võimalik kasutada ka kooli arvutiklassides asuvaid arvuteid.

Õpilastel on vajadusel võimalik saada õpetajatelt eraldi lisajuhendamist õppetundide välisel ajal (konsultatsiooniaeg) ja samuti on võimalik olulisi õpiülesandeid järele vastata õpetajate poolt määratud järelevastamise aegadel. Täpsemat informatsiooni konsultatsiooni ja järelevastamise aja ning vormi kohta jagab õpilastele konkreetne aineõpetaja.

Igal õppeaastal viivad klassijuhatajad läbi õpilase ja tema lapsevanema(te)ga arenguvestlusi, mille käigus arutletakse lapse üldise õppimises edasimineku ja üldpädevuste arengu üle.

Lisainfo õppetöö korralduse kohta on leitav:
Tartu Kivilinna kooli kodukord